คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลธัญบุรี ได้ก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 21 มิถุนายน พ.ศ.2538 ในสมัยของ รศ.ธรรมนูญ ฤทธิมณี เป็นอธิการบดีสถาบันเทคโนโลยีราชมงคล โดยใช้ชื่อว่า “คณะวิทยาศาสตร์” โดยเริ่มก่อตั้งจากภาควิชาคณิตศาสตร์ และภาควิชาวิทยาศาสตร์ คณะศิลปศาสตร์ ต่อมาได้ โอนย้าย ภาควิชาเทคโนโลยีอุตสาหกรรมเคมี
และภาควิชาเทคโนโลยีคอมพิวเตอร์ คณะวิศวกรรมและเทคโนโลยีการเกษตรมาสังกัดคณะวิทยาศาสตร์ เพื่อพัฒนาทางด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ซึ่งเป็นพื้นฐานที่สำคัญในการพัฒนาประเทศ และยังเป็นการแก้ปัญหาการขาดแคลนบุคลากรทางด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ซึ่งสอดคล้องตามความจําเป็นเร่งด่วนของประเทศและเป็นไปตามนโยบายของรัฐบาล
ที่ต้องการผลิตบุคลากรด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีให้เพียงพอต่อการพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมของประเทศ ต่อมาในปี พ.ศ. 2549 ได้มีการตราพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลธัญบุรี และได้มีการเปลี่ยนชื่อเป็น “คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี”